La Coordination nationale est une administration de mission, dirigée par le Gouverneur Coordonnateur National et composée de personnes ressources, dont les missions sont les suivantes:
- Apporter un appui technique aux comités régionaux, provinciaux et locaux et autres entités qui participent à l’exécution du programme INDH, en particulier en ce qui concerne l’application des manuels de procédures.
- Assurer la mise en œuvre des stratégies de formation et de enforcement des capacités et de communication à titre d’accompagnement des acteurs locaux.
- Faciliter le partage des connaissances et d’apprentissage entre pairs.
- Superviser l’exécution de la mise en œuvre des programmes INDH.
- Assurer l’interface des différents partenaires et l’encadrement technique et financier nécessaires.
- Elaborer de rapports et de bilans pour rendre compte au Comité de Pilotage.